在深圳注销公司时，是否需要进行税务审计取决于公司的具体情况。通常情况下，小规模纳税人且没有经营过或开票金额较小、不存在偷税漏税行为的公司，可以申请即时办结注销，可能不需要人工审核。然而，如果公司存在税务风险等级较高、历史税务问题未整改、注销申报材料不实等情况，税务局可能会要求进行人工审核，并可能需要提供财务凭证作为辅助证据。
对于一般纳税人，如果没有经营过且未开过发票，也可以申请即时办结注销。但如果公司有开票经营记录，注销时通常会转到后台进行人工审核，需要确认账面无误才能取得清税证明。
税务局在办理注销时，会根据企业的信用级别、涉税风险情况采取不同的办理程序。对于纳税信用A级、B级的纳税人，以及未达到增值税纳税起征点的个体户，提供简易注销服务，这通常不需要查三年账本。但对于其他企业，可能会进行税收风险排查，如果发现疑点，就会转入调查程序。
因此，深圳公司注销是否需要税务审计，主要取决于公司的经营状况、税务记录和是否存在税务问题。如果公司存在税务异常或高风险，注销过程中可能需要提供详细的财务资料并进行税务审计。
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