在深圳公司注销进出口权的流程如下：

1. 准备资料：首先需要准备相关的注销资料，包括公司注销证明、法人身份证、进出口许可证、公司章程等。

2. 提交申请：携带上述资料到当地海关提交注销申请。海关会对资料进行检查，确认资料齐全且符合规定要求。

3. 等待审核：如果资料符合要求，海关会受理并发放受理回执。如果有问题，会当场告知并要求补正。

4. 完成注销：按照受理回执中的规定时间，前往海关领取进出口权注销证明文件，这标志着进出口权的正式注销。

5. 注意事项：公司注销时，通常需要先完成工商、税务等其他注销手续，且整个公司注销流程可能需要2个月左右，进出口权的注销也会在这个过程中进行。

此外，如果公司还涉及其他特殊资质，如食品经营许可证等，也需要相应注销。确保所有相关手续都已完成，以避免后续的法律和财务风险。